Im Gegensatz zur ICD beruht die Kapiteleinteilung von ICPC auf Organ-Systemen. Die Lokalisation hat also Vorrang vor der Ätiologie. Dadurch wird eindeutige Codierung von Gesundheitsproblemen erleichtert.
Der ICPC-2 ist aber sorgfältig auf  ICD-10 abgestimmt und enthält Umwandlungstabellen (sog. Mapping), die eine reibungslose Zusammenarbeit der beiden Systeme ermöglichen.

Was häufig ist  - ist häufig

Der ICPC-2 berücksichtigt nur Diagnosen mit einer Prävalenz über 1.

So werden ca  300 Diagnosen und 100 Symptome klassifiziert. – Nur was in der hausärztlichen Praxis gelegentlich bis regelmässig vorkommt ist repräsentiert.